Motivación

Automatizar

• Menos tiempo en informes periódicos
• Adaptar documentos parecidos
• Rapidez

Reproducible

• Más fácil encontrar errores
• Más fácil recordar detalles del documento
• Sin errores de cortar y pegar

Diferentes formatos

• word, pdf, html
• presentaciones

Ejemplo

1. Data preparation
2. Modeling
3. Generating report
4. Something wrong in your data
5. Repeat 1 ~ 4

Conceptos

• LaTeX: centrado en el contenido y no la estética
• markdown: markup language para páginas web
• Sweave: genera informes LaTeX con cálculos en R
• knitr: actualización de Sweave más flexible y general
• pandoc: transforma entre markup languages
• rmarkdown: genera documentos markdown con cálculos en R

Requisitos

Versiones de R y RStudio actualitzadas:

• R (>= 3.0)
• RStudio (>= 0.98.1089)
• Si no usamos RStudio pandoc (>= 1.12.3)

Los siguientes packages de R:

• knitr 1.8
• rmarkdown (>= 0.4.2)

Una distribución de TeX

• TexLive
• MacTeX
• MikTeX

Ejercicio 1: Generar el primer documento

Markdown basics

# Nivel 1 
## Nivel 2
### Nivel 3

*cursiva*   **negrita**
_cursiva_   __negrita__

[link](https://rugbcn.wordpress.com/)

* lista de elementos
* elemento 2
 + elemento 2.1
 + elemento 2.2
* elemento 3

Formulas en formato LaTeX van entre dolares $\beta^2$

<!-- Comentario en Markdown basics -->

Document Templates

Ejercicio 2: Customizar el documento

• Añadir un nivel
• Añadir un segundo nivel
• Añadir una lista o una fórmula en LaTeX
• Añadir un comentario
• Crear un word y un pdf

Opciones de las templates

Corrector ortográfico

Knitr

Que és?

• Es el paquete que nos facilita la integración del código R a LaTeX o Markdown.
  • De una manera muy sencilla.
• Cómo?
  • El sistema se basa en integrar código R a través de chunks.
  • IDEA: Tenemos nuestro documento, en el cual insertamos código R.
• Creado por Yuhui Xie
  • Trabajador de RStudio, “The place where magic happens”.
• Knitr Definition
• Knitr Website
• Knitr Book

Que és un chunk?

• IDEA: Tenemos un papel en documento, donde ciertas partes son escritas y otras salidas de R.

• How does a Chunk look like?

paste("Mi primer chunk, empecemos por un simple paste!")

## [1] "Mi primer chunk, empecemos por un simple paste!"

• Importante: Los objetos creados en una sesión .Rmd o .Rnw, son de esa sesión.

Que és un chunk?

• Posibiliadades que nos dan los chunks?

```{r, fig.height=4}
library(ggplot2)
p <- ggplot(iris, aes(Sepal.Width, Sepal.Length)) + geom_point(aes(color = Species))
p + ggtitle("In R we trust!")
```

• Una presentación no es lo mismo sin iris-data.

Que és un chunk?

• Un chunk tiene cuatro partes:
  • Nombre, que en el caso anterior sería r.
  • Opciones, gran, gran variedad de opciones.
  • R-Code, donde introducimos nuestro código R.
  • Límites, delimitado por estas comillas ``` (para el caso markdown).
• {Nombre, Opcion1, Opcion2, … , OpcionT}

```{r, fig.height=4}
library(ggplot2)
p <- ggplot(iris, aes(Sepal.Width, Sepal.Length)) + geom_point(aes(color = Species))
p + ggtitle("In R we trust!")
```

• Hay una gran varidad de opciones divididas en diferentes temáticas:

  • Text results
  • Evaluation
  • Plots
  • Code decoration
  • Cache

Chunk/Text results

• echo TRUE (IDEA: Muestro el código?)

```{r}
paste("echo TRUE, vemos el código.")
```

paste("echo TRUE, vemos el código.")

## [1] "echo TRUE, vemos el código."

• echo FALSE

```{r,echo=FALSE}
library(knitr)
paste("echo FALSE, lo usaremos casi por defecto..")
rnorm(10)
```

## Warning: package 'knitr' was built under R version 3.1.2

## [1] "echo FALSE, lo usaremos casi por defecto.."

##  [1] -2.1854254  0.5594786 -0.6497459 -0.6926171  2.2025353  0.7534530
##  [7] -0.7200593 -1.8460778 -0.7172342 -1.5024214

• results asis (IDEA: Cómo muestro el resultado?)

```{r,echo=FALSE,results='asis'}
paste("Results as is, tal cual.")
```

[1] “Results as is, tal cual.”

• echo TRUE results asis

cat("<h2>Html Code all night long</h2>")

Html Code all night long

• results hide

```{r,echo=FALSE,results='hide'}
paste("No muestres ningún resultado.")
```

• warning TRUE / FALSE

• error TRUE / FALSE

• message TRUE / FALSE

Chunk/Evaluation

• eval TRUE / FALSE / Vector
  • TRUE by default x)

Eval<-TRUE

• eval Eval

```{r,eval=Eval}
paste(Eval)
```

paste(Eval)

## [1] "TRUE"

• Esto nos puede ser útil por si tenemos una plantilla de documento, ciertas partes de cálculo y visualización pueden ser codificadas por un eval.

Chunk/Plot

• Hay bastantes opciones, rápidamente:

• dpi: DPI (dots per inch) for bitmap devices (dpi * inches = pixels)

• fig.width / fig.height: Dimensiones del gráfico.

• fig.align: Alineación del gráfico.

• fig.cap: Captura del gráfico.

• echo FALSE fig.height:2 fig.width:3 fig.align:left

```{r, echo=FALSE,fig.height=2,fig.width = 3,fig.align='left',dpi=100}
library(ggplot2);library(knitr)
p <- ggplot(iris, aes(Sepal.Width, Sepal.Length)) + geom_point(aes(color = Species))
p + ggtitle("In R we trust!")
```

Chunk/Code decoration

• tidy: Dejar el código más arreglado.

• comment(‘##’; character): cómo muestra el codigo.

```{r, echo=FALSE}
summary(cars)
```

##      speed           dist       
##  Min.   : 4.0   Min.   :  2.00  
##  1st Qu.:12.0   1st Qu.: 26.00  
##  Median :15.0   Median : 36.00  
##  Mean   :15.4   Mean   : 42.98  
##  3rd Qu.:19.0   3rd Qu.: 56.00  
##  Max.   :25.0   Max.   :120.00

```{r, echo=FALSE,comment=""}
summary(cars)
```

     speed           dist       
 Min.   : 4.0   Min.   :  2.00  
 1st Qu.:12.0   1st Qu.: 26.00  
 Median :15.0   Median : 36.00  
 Mean   :15.4   Mean   : 42.98  
 3rd Qu.:19.0   3rd Qu.: 56.00  
 Max.   :25.0   Max.   :120.00  

• Chunk para poner todo el código:
  • ref.label=all_labels(), echo=TRUE, eval=FALSE,tidy=TRUE
  • Útil al final del documento.

```{all-code, ref.label=all_labels(), echo=TRUE, eval=FALSE,tidy=TRUE}
```

Chunk/Cache

• Más información.

Chunk/Global options

• Podemos crear opciones globales para nuestros chunks

library(knitr)

opts_chunk$set(echo = FALSE)

• opts_chunk$get()
  • Como es el estado de los chunks

opts_chunk$get()

## $eval
## [1] TRUE
## 
## $echo
## [1] TRUE
## 
## $results
## [1] "markup"
## 
## $tidy
## [1] FALSE
## 
## $tidy.opts
## NULL
## 
## $collapse
## [1] FALSE
## 
## $prompt
## [1] FALSE
## 
## $comment
## [1] "##"
## 
## $highlight
## [1] TRUE
## 
## $strip.white
## [1] TRUE
## 
## $size
## [1] "normalsize"
## 
## $background
## [1] "#F7F7F7"
## 
## $cache
## [1] FALSE
## 
## $cache.path
## [1] "Presentacio_cache/slidy/"
## 
## $cache.vars
## NULL
## 
## $cache.lazy
## [1] TRUE
## 
## $dependson
## NULL
## 
## $autodep
## [1] FALSE
## 
## $fig.keep
## [1] "high"
## 
## $fig.show
## [1] "asis"
## 
## $fig.align
## [1] "default"
## 
## $fig.path
## [1] "Presentacio_files/figure-slidy/"
## 
## $dev
## [1] "png"
## 
## $dev.args
## NULL
## 
## $dpi
## [1] 96
## 
## $fig.ext
## NULL
## 
## $fig.width
## [1] 8
## 
## $fig.height
## [1] 6
## 
## $fig.env
## [1] "figure"
## 
## $fig.cap
## NULL
## 
## $fig.scap
## NULL
## 
## $fig.lp
## [1] "fig:"
## 
## $fig.subcap
## NULL
## 
## $fig.pos
## [1] ""
## 
## $out.width
## NULL
## 
## $out.height
## NULL
## 
## $out.extra
## NULL
## 
## $fig.retina
## [1] 2
## 
## $external
## [1] TRUE
## 
## $sanitize
## [1] FALSE
## 
## $interval
## [1] 1
## 
## $aniopts
## [1] "controls,loop"
## 
## $warning
## [1] TRUE
## 
## $error
## [1] FALSE
## 
## $message
## [1] TRUE
## 
## $render
## NULL
## 
## $ref.label
## NULL
## 
## $child
## NULL
## 
## $engine
## [1] "R"
## 
## $split
## [1] FALSE
## 
## $include
## [1] TRUE
## 
## $purl
## [1] TRUE

Ejemplo: rCharts

```{r results = 'asis', comment = NA}
require(rCharts)
data(economics, package = 'ggplot2')
econ <- transform(economics, date = as.character(date))
m1 <- mPlot(x = 'date', y = c('psavert', 'uempmed'), type = 'Line',
  data = econ)
m1$set(pointSize = 0, lineWidth = 1)
m1$print('chart2', include_assets = TRUE)
```

require(rCharts)
data(economics, package = 'ggplot2')
econ <- transform(economics, date = as.character(date))
m1 <- mPlot(x = 'date', y = c('psavert', 'uempmed'), type = 'Line',
  data = econ)
m1$set(pointSize = 0, lineWidth = 1)
m1$print('chart2', include_assets = TRUE)

• No està en el CRAN!
• Guía rápida
• Instalación:
  • require(devtools)
  • install_github(‘rCharts’, ‘ramnathv’)

Worth a look

Recopilación de más de 114 ejemplos.

• https://github.com/yihui/knitr-examples

Recomendación para el trabajo:

• Creación de un chunk inicial donde cargamos y parseamos los datos.
• Establecer opciones globales para nuestros chunks.
• Utilizar eval en caso de querer crear una plantilla genérica.

Ejercicio 3: Usar diferentes chunks

• Modificar el tamaño de las gráficas
• Modificar que no se vea el codigo, mensajes, errores o warnings
• Definir chunks globales con opts_chunk$set(...)
• Se muestre un gráfico en función de una variable

Presentation Templates

Funciona igual que los documentos

Añadir codigo html directamente

<iframe src="https://www.google.com/maps/embed?pb=!1m14!1m8!1m3!1d2992.980538837
813!2d2.1940529999999994!3d41.396229!3m2!1i1024!2i768!4f13.1!3m3!1m2!1s0x12a4a2c
2e2d59ceb%3A0xc4a659466688fe8d!2sitnig!5e0!3m2!1sca!2ses!4v1425493445609" 
width="600" height="450" frameborder="0" style="border:0"></iframe>

Añadir codigo html desde R

• Usar chunk result = asis si el resultado del codigo es html
• No es necesario en el caso de un htmlwidgets

```{r, warning = FALSE}
library(dygraphs)
lungDeaths <- cbind(mdeaths, fdeaths)
dygraph(lungDeath)
```

Mejorando el aspecto de las tablas

Usar chunk option result = 'asis'.

• package knitr (kable)
• package xtable
• package simsalapar (toLatex.ftable)
• package Hmisc
• Más packages en Reproducible Research CRAN Task View

Ejemplo con xtable

library(xtable)
xIris <- xtable(head(iris), caption = "5 primeros valores de iris")
print.xtable(xIris, type = "html")

## <!-- html table generated in R 3.1.1 by xtable 1.7-4 package -->
## <!-- Mon Mar  9 00:04:16 2015 -->
## <table border=1>
## <caption align="bottom"> 5 primeros valores de iris </caption>
## <tr> <th>  </th> <th> Sepal.Length </th> <th> Sepal.Width </th> <th> Petal.Length </th> <th> Petal.Width </th> <th> Species </th>  </tr>
##   <tr> <td align="right"> 1 </td> <td align="right"> 5.10 </td> <td align="right"> 3.50 </td> <td align="right"> 1.40 </td> <td align="right"> 0.20 </td> <td> setosa </td> </tr>
##   <tr> <td align="right"> 2 </td> <td align="right"> 4.90 </td> <td align="right"> 3.00 </td> <td align="right"> 1.40 </td> <td align="right"> 0.20 </td> <td> setosa </td> </tr>
##   <tr> <td align="right"> 3 </td> <td align="right"> 4.70 </td> <td align="right"> 3.20 </td> <td align="right"> 1.30 </td> <td align="right"> 0.20 </td> <td> setosa </td> </tr>
##   <tr> <td align="right"> 4 </td> <td align="right"> 4.60 </td> <td align="right"> 3.10 </td> <td align="right"> 1.50 </td> <td align="right"> 0.20 </td> <td> setosa </td> </tr>
##   <tr> <td align="right"> 5 </td> <td align="right"> 5.00 </td> <td align="right"> 3.60 </td> <td align="right"> 1.40 </td> <td align="right"> 0.20 </td> <td> setosa </td> </tr>
##   <tr> <td align="right"> 6 </td> <td align="right"> 5.40 </td> <td align="right"> 3.90 </td> <td align="right"> 1.70 </td> <td align="right"> 0.40 </td> <td> setosa </td> </tr>
##    </table>

Añadiendo el chunk option result = 'asis'

library(xtable)
xIris <- xtable(head(iris), caption = "5 primeros valores de iris")
print.xtable(xIris, type = "html")

Adaptar la salida del chunk

• Chunk option render = knit_print
• Vignette de knitr Custom Print Methods
• Definir métodos a la función knit_print de knitr
• Del creador de knitr llega printr

Ejemplo knit_print

head(iris)

##   Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
## 1          5.1         3.5          1.4         0.2  setosa
## 2          4.9         3.0          1.4         0.2  setosa
## 3          4.7         3.2          1.3         0.2  setosa
## 4          4.6         3.1          1.5         0.2  setosa
## 5          5.0         3.6          1.4         0.2  setosa
## 6          5.4         3.9          1.7         0.4  setosa

library(knitr)
library(printr) # De github https://github.com/yihui/printr
head(iris)

Añadiendo opciones de LaTeX

• En documentos pdf o presentaciones Beamer
• Añadir directamente al codigo o entre dolares
• En el header-includes

---
title: "Primer documento rmarkdown"
author: "Lluís Ramon"
date: "Wednesday, March 04, 2015"
output: pdf_document
header-includes:
- \usepackage{fancyhdr}
- \fancyfoot[CO,CE]{\em pàg. \thepage}
- \fancyhead[LE,LO]{\em \thetitle}
- \rfoot{\includegraphics[width = 3cm]{upc}}
---

Usar otras templates

• rtices package
• revealjs

Crear tu propia template

• Incluida en un package
• En el directorio: inst/rmarkdown/templates/my_template
  • template.yaml
  • skeleton.Rmd
  • default.tex o styles.css
• Una función ejecutará la template

Ejemplo upcTemplate

• upcTemplate
• Plantilla disponible en github
• Tiene definida una portada, logo, cabecera y pie de página.

.Rnw/LaTeX

• Mismo concepto, el papel deja de ser markdown para pasar a ser LaTeX.

• Que és?
  • LaTeX, procesador de texto del 1984.
  • Última version estable del 2011.
  • Conocido cómo:
    • “El gold-standard para publicar papers”.
    • “Lo primero que aprende un research assistant”.
    • “Esto parece un powerpoint pero no lo es!” (beamer)
• Conocimiento de LaTex? (audience?)
  • Primero rmarkdown, later LaTeX.

• Mejor, peor que Rmarkdown? Let’s see…

.Rnw/Creación Documento

Recordar, Tools / Global Options:

.Rnw/Estructuración Documento

• Un documento .Rnw (LaTeX) está dividido en dos partes:
  • PRE-Documento: Cargamos los diferentes paquetes.
    • Pensemos en los paquetes como las librerías de R.
  • Documento: Donde escribimos.
    • No hay post documento.
• Ejemplo:

.Rnw/Cómo funciona

• Creamos un documento .Rnw, compilamos y salen muchos archivos, (WTF!)

  • .pdf: Output final del documento.

  • .tex: Es el archivo desde el cual LaTeX compila.

  • .log: Importante en caso que el documento no compile nos dice donde falla (como bueno log).

  • .synctex.gz: Yo lo ignoro.

  • -concordance.tex: También lo ignoro.

  • .toc: Relacionado con el índice.

  • .?: Quizá puede salir alguna extensión más, centrarnos en .tex, .pdf, .log.

.Rnw/Chunk

• Cómo van los chunks?
  • Igual!
• Ejemplo:

<>=
rnorm(10)
@

• IDEA: El punto es que el package “knitr” nos da las opciones para escribir con dos tipos de documentos (“papeles”), pero con un mismo criterio.

Ejercicio 4: Crear un Rnw

• Crea tu primer documento LaTeX.

• Repetir el ejemplo del ejercicio 3.

• Compilar.

OR

• Bajate un ejemplo.

• Idea: Llegar a casa y hacer muchos.

.Rnw/Tipo output

• Dentro de la modalidad .PDF tenemos dos tipos de output.

1.  \documentclass[12pt]{article}

2.  \documentclass{beamer}

Más información en: http://en.wikibooks.org/wiki/LaTeX/Presentations

• Beamer Matrix:
  • Tenemos muchos estilos por defecto.
  • https://www.hartwork.org/beamer-theme-matrix/

.Rnw/Tips

• Vigilar con el encoding de los ficheros.

 \usepackage[utf8x]{inputenc}

 \usepackage[cp1252]{inputenc}

• {Hmisc} latexTranslate, convierte unfriendly latex carácteres (_, $, ’),
  • LaTeX es muy potente, muy exacto, pero muy frágil con carácteres especiales.
  • http://www.inside-r.org/packages/cran/Hmisc/docs/latex
• …

.Rnw vs .Rmd

Markdown or LaTeX?

• What happens if you ask for too much power from Markdown?

• Post recoge la siguiente idea:
  • “Markdown is super easy to learn and type, but it is primarily targeted at HTML pages”. (2013)
  • “LaTeX is relatively difficult to learn and type, but it allows you to do precise typesetting.”
• Opinión speakers:
  • Comenzar con RMarkdown para tener una transición amistosa a RSweave.

.Rnw/En caso de duda…

Thank you

Lluís Ramon

@LluisR_Tgn

@LluisRamon

lluisramon

Carlos Bort

@Carlosebort

@carlosbort

carlosbort